Monitoring pomocí AMS a následné vyhodnocení plnění podmínek probíhá u všech dílů půdních bloků (DPB), které jsou uvedené v Jednotné žádosti u opatření na plochu. Postup monitoringu a vyhodnocování je popsán níže:
1) Pořizování družicových dat probíhá opakovaně skrze program Copernicus Evropské vesmírné agentury. Družicová data jsou pořizována po celý rok, ale samotný monitoring (vyhodnocování podmínek opatření) začíná až se začátkem dotačního období, tj. podáním Jednotné žádosti (viz schéma).
2) Družicová data jsou nejprve zpracována externí službou. Jejím úkolem je vypočítat ukazatele o stavu monitorovaných pozemků. Například na travním porostu nám tato služba zašle informaci o tom, ve kterém intervalu byla zaznamenána seč. Tato data SZIF obdrží zpravidla jednou za 14 dní v závislosti na dotační podmínce.
3) Následně se na straně SZIF ověřuje, zda byla splněna podmínka opatření, čili zda byl např. dodržen správný termín seče. Dodané ukazatele se zde automaticky vyhodnocují na základě pravidel (tzv. monitorovacích scénářů), která jsou definována jednotlivě pro každou podmínku i každý pozemek. V tomto případě bude zohledněn předepsaný termín pro provedení seče dle údajů z LPIS, resp. orgánu ochrany přírody. Vyhodnocení plnění podmínek opatření je znázorňováno tzv. Semaforem.
4) Celý proces se několikrát opakuje a zohledňuje nové skutečnosti.
5) Systém upozorní žadatele, pokud před termínem plnění podmínky opatření není podmínka splněna. Tato zpráva (tzv. alert) je momentálně spuštěna pouze pro podmínku splnění seče a pastvy. Žadatel však dostává upozornění (notifikaci) v momentě, kdy se jakýkoliv semafor změní na červenou barvu. Notifikace si může žadatel nastavit dle uvážení v Portálu AMS.
6) Výsledky monitoringu jsou publikovány na Portálu AMS každého žadatele, jehož se vyhodnocení týká.
V současné době je ověřeno, že díky monitoringu lze zajistit identifikaci následujících podmínek:
Zemědělské obhospodařování znamená, že se žadatel zavazuje zemědělský pozemek obhospodařovat po celou dobu dotačního období, a to po celé výměře daného pozemku. Nesplnění této podmínky tedy může být například postavení stavby na ploše deklarovaného DPB nebo třeba dlouhodobé uskladnění kulatin na DPB.
Zakázanou operací se rozumí nedodržení určitých pravidel po celou dobu předem daného období. Typicky se jedná třeba o dodržení zemědělské kultury do určitého data. V praxi to např. znamená, že pokud žadatel rozorá trávu před rozhodným datem, pak se jedná o zakázanou operaci.
V případě seče se zkoumá náhlý úbytek vegetace v čase a v případě pastvy postupný úbytek vegetace. Pokud nejsou tyto změny patrné, je pravděpodobné, že daný pozemek nebyl posekán či spasen.
Dá se očekávat, že pokračujícím výzkumem a vývojem nových algoritmů se bude množina monitorovatelných podmínek rozrůstat. Do budoucna je v plánu monitorované podmínky rozšířit například o ověření meziplodin. AMS se uplatňuje u kontrol opatření na plochu v rámci Jednotné žádosti (viz obr. níže).
Systém AMS neověřuje dotační tituly vázané na hospodářská zvířata a lesnická opatření, ani tituly SOT, národní dotace, ekonomická opatření atd. U těchto nemonitorovatelných podmínek zůstává zachován princip výběru vzorku žádostí a ověření plnění podmínek přímo u žadatele. Při těchto návštěvách už ale u žadatele nebude prováděno měření ploch. Může se tedy stát, že u konkrétního opatření/titulu nebo dokonce u konkrétního pozemku proběhne monitoring pomocí systému AMS a zároveň proběhne kontrola v terénu u podmínky, která není monitorovatelná pomocí AMS. Například výskyt úhoru na daném pozemku je ověřen daty z družic, ale zákaz použití POR u úhoru využívaném v ekologickém zájmu bude ověřen na místě.